Theo truyền thuyết, pháo đài được xây dựng bởi Rawal Jaisal, một Bhatti Rajput, vào năm 1156.[6] Câu chuyện nói rằng nó đã thay thế cho một công trình trước đó ở Lodhruva, mà Jaisal không hài lòng. Như vậy, một thủ phủ mới được thành lập khi Jaisal thành lập thành phố Jaisalmer.[3]

Khoảng 1293-1294, Rawal Jethsi phải đối mặt với một cuộc bao vây từ tám đến chín năm bởi Sultan Alauddin Khalji của Delhi, người bị cho là đã bị kích động bởi một cuộc đột kích Bhatti vào kho báu của ông ta.[2] Đến cuối cuộc vây hãm, đối mặt với thất bại, những người phụ nữ Bhatti Rajput đã tự thiêu, và các chiến binh nam đã gặp được kết cục chết chóc trong trận chiến với lực lượng của Sultan. Vài năm sau cuộc vây hãm thành công, pháo đài vẫn bị bỏ rơi, trước khi bị được một số người Bhattis sống sót chiếm lại.[7]

Trong thời trị vì của Rawal Lunakaran, khoảng năm 1530 - 1551, pháo đài bị tấn công bởi một người đứng đầu Afghanistan Amir Ali. Khi dường như Rawal Lunakaran đã thất bại, ông đã giết chết những người phụ nữ của mình vì không có đủ thời gian để sắp xếp một lễ tự thiêu. Thật đáng tiếc, quân tiếp viện đã đến ngay sau khi hành động được thực hiện và quân đội của Jaisalmer đã giành chiến thắng. Năm 1541, Rawal Lunakaran cũng chiến đấu với hoàng đế Humayun của đế quốc Mogul sau khi ông này tấn công pháo đài trên đường tới Ajmer.[8]

Ông ta cũng đã dâng con gái mình cho Akbar. Đế quốc Mogul kiểm soát pháo đài cho đến năm 1762,[9] khi Maharawal Mulraj giành quyền kiểm soát pháo đài. Do vị trí cô lập, pháo đài đã thoát khỏi được sự tàn phá của Maratha. Hiệp ước giữa Công ty Đông Ấn Anh và Mulraj vào ngày 12 tháng 12 năm 1818 cho phép Mulraj giữ quyền kiểm soát pháo đài và được bảo vệ khỏi sự xâm lược. Sau cái chết của Mulraj năm 1820, cháu nội Gaj Singh thừa hưởng quyền kiểm soát pháo đài.[9]

Với sự ra đời của quy tắc Anh, sự xuất hiện của thương mại hàng hải và sự tăng trưởng của cảng Bombay đã dẫn đến sự suy giảm dần dần về kinh tế của Jaisalmer. Sau khi phong trào độc lập Ấn Độ và chia cắt Ấn Độ, tuyến thương mại cổ đại đã bị đóng cửa hoàn toàn, do đó vĩnh viễn loại bỏ thành phố khỏi vai trò quan trọng trước đây trong thương mại quốc tế. Tuy nhiên, tầm quan trọng chiến lược tiếp theo của Jaisalmer đã được chứng minh trong các cuộc chiến tranh năm 1965 và 1971 giữa Ấn Độ và Pakistan.

Mặc dù thị trấn Jaisalmer không còn hoạt động như một thành phố thương mại quan trọng, hoặc là một trạm quân sự chính, thị trấn vẫn có thể kiếm được thu nhập như là một điểm đến du lịch lớn. Ban đầu, toàn bộ dân số của Jaisalmer sống trong pháo đài, và ngày nay pháo đài cũ vẫn giữ được một dân số cư trú khoảng 4.000 người, phần lớn là hậu duệ của cộng đồng Brahmin và Daroga. Hai cộng đồng này đã từng phục vụ như là lực lượng lao động cho nhà cầm quyền Bhati thời bấy giờ của pháo đài, sau họ cư trú trên đỉnh đồi và bên trong pháo đài.[5] Với sự gia tăng dân số trong khu vực, nhiều cư dân của thị trấn dần dần di dời đến chân đồi Trikuta. Từ đó, dân số của thị trấn đã lan rộng ra ngoài pháo đài, và vào thung lũng liền kề bên dưới.